Mārkalnes pagasts atrodas Alūksnes novada ziemeļu daļā. Tā kopplatība 123,38 km2. Mārkalnes pagasts robežojas ar Alūksnes novada Pededzes, Jaunalūksnes un Ziemera pagastiem, kā arī Igaunijas Republikas Veru apriņķa Misso pagastu. Mārkalnes pagastā pastāvīgi dzīvo 374 iedzīvotāji.